به گزارش «نود اقتصادی» در لایحه بودجه کشور، دانشگاههای علوم پزشکی دو ردیف بودجه جداگانه دارند. این دو ردیف شامل بودجه آموزش و بودجه بهداشتی-درمانی (مختص بیمارستان‌های زیرنظر هر دانشگاه) است.
براساس لایحه بودجه سال ۱۴۰۰، در سال آینده از بودجه ۱۵۵ هزار میلیارد تومانی نظام سلامت، حدود ۶۷ درصد یا معادل ۱۰۴ هزار میلیارد تومان آن مربوط به بودجه بهداشتی-درمانی دانشگاههای علوم پزشکی است.
بررسی‌های «نود اقتصادی» از بودجه ۵۰ دانشگاهی که رقم بودجه بهداشتی-درمانی آنها بالای ۳۰۰ میلیارد تومان بوده، نشان می‌دهد این دانشگاه‌ها در سال آینده مجموعا نزدیک به ۸۴ هزار میلیارد تومان بودجه دریافت خواهند کرد.
در بین این ۵۰ دانشگاه، بودجه ۱۰ دانشگاه شامل علوم پزشکی فارس، اصفهان، خراسان رضوی، تهران و آذربایجان شرقی، جندی شاپور اهواز، آذربایجان غربی، ایران، بهشتی و مازندران هر کدام بین ۳ تا ۴ هزار میلیارد تومان است.
قابل ذکر است اختصاص ۱۰۵ هزار میلیارد تومان بودجه بهداشتی-درمانی که ۸۴هزار میلیارد تومان آن در لیست بالا دیده می‌شود، در حالی صورت می‌‌گیرد که بر اساس ماده یک قانون احکام دائمی برنامه‌‌های توسعه کشور، دانشگاههای علوم پزشکی از هرگونه حسابرسی مالی بودجه‌‌ای مستثنی بوده و محاسبات مالی آنها عمدتا در جلسات هیئت امنای دانشگاه‌ها و وزیر بهداشت بررسی می‌شود.
