قوانین اتاق بازرگانی ایران از منظر حقوقی "آمره" بوده و قابل تغییر نیست، اما اسنادی که به دست خبرنگار «نود اقتصادی» رسیده نشان می‌دهد که برخی اتاق‌ها به شکل خودسرانه قوانین را تغییر داده و البته اتاق ایران هم واکنش نظارتی مناسبی نسبت به این مسئله از خودش نشان نداده است.
به عنوان مثال در اتاق بازرگانی بندرعباس منابع درآمدی غیرقانونی ایجاد شده که نمونه آن در سایر اتاق‌ها دیده نمی‌شود. مدیران اتاق بازرگانی بندرعباس جهت بازدید سالیانه کارت‌های عضویت و بازرگانی مبلغ ۳۲۷ هزار تومان دریافت می‌کنند. این در حالی است که طبق قانون اصلا کارت عضویت نیاز به بازدید ندارد و بابت بازدید کارت بازرگانی هم نباید مبلغی دریافت شود.
همچنین در موردی دیگر نرخ گواهی مبدا با افزایش ۳۰۰ درصدی از ۲۵ هزار تومان به بالای ۱۰۹ هزار تومان رسیده در حالی که نرخ گواهی مبدا همواره از سوی اتاق ایران به تمام اتاقهای شهرستان‌ها ابلاغ می‌شود و هیچ اتاقی حق ندارد سر خود آن را تغییر دهد.
وفق ماده ۱۷ قانون امور گمرکی، صدور گواهی مبداء انحصاراً در زمره وظایف و تکالیف اتاق ایران تعریف شده و بنا بر قاعده اذن، تعیین هزینه‌ی صدور گواهی مبداء هم منحصراً در اختیار اتاق ایران است و تفویض اختیار صدور گواهی مبداء و کارت عضویت به اتاقهای شهرستان‌ها موجد حقی برای اتاق شهرستان در تعیین هزینه یا هرگونه شرایط دیگری مازاد بر دستورالعمل اتاق ایران نمی‌شود.
بنابراین لازم است که اتاقهای شهرستان تمکین به دستورالعمل‌های اتاق ایران داشته باشند و هرگونه تخطی از آن دستورالعمل‌ها و اخذ وجوه مازاد از موارد تخطی از آئین‌نامه نحوه عضویت در اتاق و قابل طرح در کمیسیون انضباطی اتاق ایران است.
